Ο Πανθρακικός ιδρύθηκε το 1963 μετά από ένωση των ομάδων της ΑΕ Κομοτηνής και του Ορφέα Κομοτηνής. Για αρκετά χρόνια η ομάδα βρισκόταν μεταξύ Β’ και Γ’ Εθνικής και των τοπικών πρωταθλημάτων, αλλά από το 2005 και μετά, όταν μια νέα ομάδα ανθρώπων, που μέχρι και σήμερα λειτουργούν σαν μια ενωμένη «οικογένεια», ανέλαβε τη διοίκηση του Πανθρακικού και τον οδήγησε σε συνεχόμενη αγωνιστική άνοδο. Το 2008 η ομάδα αγωνίστηκε για πρώτη φορά στην ιστορία της στο Πρωτάθλημα της Super League και, παρά τον υποβιβασμό του 2010, ο Πανθρακικός το 2012 επέστρεψε στη μεγάλη κατηγορία με στόχο να πετύχει την καθιέρωσή του. Φέτος, η ομάδα της Κομοτηνής συμμετέχει για 4η συνεχόμενη και 6η συνολικά χρονιά στη Super League και συνεχίζει να γράφει ιστορία, έχοντας ως 12ο παίχτη τον φίλαθλο κόσμο της Θράκης.